Файл конфигурации — это обычный текстовый файл в кодировке ANSI или любой юникодной: UTF-16LE, UTF-16BE, UTF-8, UTF-8+BOM.

При загрузке Autorun ищет файл с именем autorun.cfg или autorun.aucfg. Дополнительные файлы, подключаемые директивой Include, могут иметь произвольное имя и расширение, но для упрощения использования подсветки синтаксиса в редакторах рекомендуется использовать расширение aucfg.

Плагин оперирует двумя секциями в файле конфигурации. Первая секция выполняется при запуске TC, вторая — при завершении. Секция выхода начинается после директивы:

Pragma AutorunFinalizeSection

Пользовательские функции могут находиться в любой секции, и их вызов также возможен из любой секции.

Есть возможность включения в файл конфигурации других файлов с помощью директивы Pragma Include. Включаемые файлы могут содержать пользовательские функции и переменные.